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Desde 1988, Balzer, Moulines y Sneed resaltaron la importancia de la distinción entre modelos y teorías para formular su versión mejorada del programa estructuralista para las ciencias naturales. Nos referiremos a él como “Programa Neo-Estructuralista para las Ciencias Naturales y su Epistemología”. Con esos aportes, desde la perspectiva de la Teoría General de Procesos TGP y la Teoría General de Sistemas TGS, con la utilización de una semiótica apropiada para las distintas representaciones e interpretaciones de los modelos y las teorías, se podría reformular el antiguo programa estructuralista del siglo XX como un nuevo programa neo-estructuralista para el siglo XXI. Esta nueva síntesis modelo-teorética permite una reformulación sistémica coherente de todas las ramas de las matemáticas, su historia y su epistemología, y promete convertirse en una nueva fuente de propuestas pedagógicas y didácticas para la educación matemática.